Un laboratoire de l'UNC utilise le séquençage génétique pour percer les secrets du virus à l'origine du COVID-19

COLLINE DE LA CHAPELLE – A étude publiée dans Rapports de cellules montre comment le séquençage génétique de nouvelle génération peut suivre les mutations du virus SARS-CoV-2, ce qui peut effectivement contribuer au traçage de la transmission, à l’exactitude des tests de diagnostic et à l’efficacité des vaccins.

"Une fois que vous disposez de la séquence génétique du virus avec le séquençage de nouvelle génération (NGS), vous pouvez alors commencer à poser davantage de questions", a déclaré Dirk Dittmer, PhD, professeur de microbiologie et d'immunologie à l'École de médecine de l'UNC et auteur principal de l'étude. . « Où avons-nous déjà vu cette séquence exacte auparavant ? Est-ce qu'il vient d'un autre état ou d'un autre pays ? Quand ce patient a-t-il voyagé là-bas et qui d’autre pourrait en être atteint ?

Dittmer affirme que ce type de surveillance virale est également important dans les tests de diagnostic. La plupart des tests développés pour diagnostiquer le COVID-19 recherchent une partie de la séquence génétique à l’origine du nouveau coronavirus. Si cette séquence mute, le test n’est plus précis et les résultats en seront affectés. Dittmer dit que dans le cadre de leur étude, son équipe a effectivement découvert des variations dans la séquence génétique du virus, mais heureusement, aucune de ces variations n'était localisée dans la partie du virus ciblée dans les tests de diagnostic courants.

"Nous sommes cependant préoccupés par les mutations futures", a déclaré Dittmer. « Il est inhérent à la nature d'un virus de muter. Les changements dans d’autres domaines de la séquence génétique peuvent non seulement perturber les tests, mais aussi entraver l’efficacité des vaccins.

C'est pourquoi le laboratoire de Dittmer a collaboré avec plusieurs autres laboratoires de l'UNC-Chapel Hill pour rester au courant des changements qui devraient être apportés, le cas échéant, aux protocoles de test et au développement éventuel d'un vaccin. Le laboratoire de Dittmer reçoit des échantillons positifs au SRAS-CoV-2 du laboratoire de Melissa Miller, PhD, directrice des laboratoires de microbiologie et de microbiologie moléculaire du centre médical de l'UNC, où les tests de diagnostic COVID-19 de l'UNC ont été développés et mis en place le 16 mars.

"Comme nous n'examinons qu'une seule séquence génétique pour le virus, nous avons dit à la FDA que nous surveillerions continuellement les changements dans cette séquence génétique afin que nous puissions être assurés que notre test est toujours fiable", a déclaré Miller, co- auteur de l'étude. "NGS nous aidera à y parvenir."

L'étude récente de Dittmer est la plus importante à se concentrer sur les communautés suburbaines et rurales. Les chercheurs ont pu reconstruire le paysage mutationnel des cas observés au centre médical UNC de Chapel Hill, en Caroline du Nord, un centre de soins cliniques tertiaires. Du 30 mars au 8 mai, 175 échantillons provenant de patients confirmés positifs au COVID-19 ont été analysés.

Parmi les échantillons testés, 57% portait la variante Spike D614G notée dans des études similaires. La présence de cette variante est associée à un nombre plus élevé de copies du génome et sa prévalence s’est étendue tout au long de la pandémie. Les variations génétiques trouvées dans ces échantillons soutiennent également les hypothèses selon lesquelles la majorité des cas en Caroline du Nord provenaient de personnes voyageant aux États-Unis plutôt qu'à l'étranger.

Grâce à une subvention du NC Policy Collaboratory basé à l'UNC-Chapel Hill, le laboratoire de Dittmer continuera à utiliser NGS pour suivre le virus SARS-CoV-2 jusqu'à la fin de 2020. L'objectif est d'inscrire chaque patient des hôpitaux de l'UNC atteint de grippe ou de maladies respiratoires. symptômes pour les tests de diagnostic du COVID-19. Ces échantillons seront séquencés et compilés pour former un profil complet de tout virus transporté par ces patients, informations qui continueront d’aider une communauté de chercheurs dans leur lutte contre le SRAS-CoV-2 et les nouveaux coronavirus potentiels.

Dittmer est également membre du UNC Lineberger Comprehensive Cancer Center. Les co-auteurs de cette étude comprennent Ralph Baric, Ryan McNamara, Carolina Caro-Vegas, Justin Landis, Razia Moorad, Linda Pluta, Anthony Eason, Cecilia Thompson, Aubrey Bailey, Femi Cleola Villamor, Philip Lange, Jason Wong, Tischan Seltzer, Jedediah. Seltzer, Yijun Zhou, Wolfgang Vahrson, Angelica Juarez, James Meyo, Tiphaine Calabre, Grant Broussard, Ricardo Rivera-Soto, Danielle Chappell et Blossom Damania, tous affiliés à l'UNC-Chapel Hill.

Ce travail a été financé par les subventions du service de santé publique CA016086, CA019014 et CA239583 à DPD. Le financement a également été fourni par le Fonds universitaire de recherche sur le cancer et l'École de médecine de l'UNC.

(C) UNC

Source originale de l’article : WRAL TechWire